هیات اجرایی مرکب از رییس اجرایی، معاونان ریاست اجرایی و مدیران عمومی در زیرمجموعه‌ی ساختار تشکیلاتی موسسه مسوولیت رسیدگی به تمام فعالیت‌ها و امور اجرایی موسسه را در جریان سال مالی بر عهده دارد. ریاست اجرایی مدیریت هیات اجرایی و نظارت بر تطبیق تمام آیین‌نامه‌ها و طرزالعمل‌های موسسه را در روشنایی اساس‌نامه‌ی موسسه بر عهده داشته و از اجرائات خود در برابر هیات مدیره پاسخگو می‌باشد.

در فصل چهارم، ماده‌ی هفدهم اساس‌نامه، وظایف و صلاحیت‌های هیات اجراییه به گونه‌ی ذیل شرح داده می‌شود:

1)     هیات اجراییه‌ی موسسه عبارت اند از رییس موسسه، معاون وی و مدیران ارشد در زیرمجموعه‌ی هیات اجراییه.

2)     رییس موسسه که رییس هیات اجراییه نیز مي‌باشد، با قرارداد رسمی ‌یک سال و امکان تمدید آن، از سوی هیات مدیره تعیین مي‌شود.

3)     بقيه اعضاي هیات اجراییه و تمام کارمندان بخش‌های مختلف موسسه، از طریق رقابت آزاد، با منظوری رییس موسسه استخدام مي‌شوند.

4)     رییس هیات اجراییه و معاون وی کارمندان تمام‌وقت موسسه بوده و نمی‌توانند خارج از موسسه مسوولیت یا شغل دیگری داشته باشند که به فعالیت، اجرائات و زمان کاری آن‌ها در موسسه لطمه وارد کند.

5)     جلسات منظم هیات اجراییه در هر هفته يك بار داير مي‌شود و معاون رییس و مدیران نهادهای زیرمجموعه‌ی موسسه از اجرائات و فعالیت‌های خود به رییس گزارش می‌دهند.

6)      هیات اجراییه لايحه‌ی وظايف و طرزالعمل کاری ديپارتمنت‌ها و بخش‌های مرتبط با موسسه را تهیه کرده و پس از منظوری و امضای رییس به مرحله‌ی تطبیق می‌سپارد.

7)     هیات اجراییه به عرايض و شكايات مردم در رابطه با فعالیت‌های بخش‌های مختلف موسسه رسیدگی می‌کند.

در ماده‌ی هجدهم اساس‌نامه، وظايف و صلاحيت‌هاي رییس موسسه به شرح ذیل آمده است:

الف: وظايف رییس:

1)     تطبيق تمام تصاويب و فيصله‌هاي مجمع عمومي و هیات مديره؛

2)     نظارت بر اجرائات روزانه‌ی امور اداري، مالي و پروژوي موسسه؛

3)     بررسی و تأیید راپورهایی که از اجرائات پروژه‌ها به مراجع تمویل کننده (دونر) فرستاده می‌شوند؛

4)     ايجاد نظم و دسیپلين در بين كارمندان موسسه؛

5)     تقسيم وظايف و دادن پلان كار براي مدیران و اعضاي موسسه؛

6)      جستجوی پروژه و راه‌های دریافت منابع مالی و منابع تمویل‌کننده از موسسات دونر ملی و بین‌المللی؛

7)     نمايندگي از موسسه در محافل، سمينارها، وركشاپ‌هاي ملي و بين‌المللي؛

8)     تهيه‌ی گزارش کتبی از پيشرفت فعاليت‌های موسسه و ارايه‌ی آن به اجلاس سه ماهه‌ی هیات مديره؛

9)     تهيه‌ی پلان كاری سالانه و تطبيق آن مطابق به زمان تعیين شده پس از تصویب هیات مدیره؛

10) استخدام کارمند جدید جهت پیشبرد فعالیت‌های موسسه؛

11) فراهم نمودن تسهيلات كاري بين بخش‌های زیرمجموعه‌ی موسسه و جمع‌آوري گزارش کتبی از فعالیت آن‌ها؛

ب- صلاحيت‌هاي رییس:

1)     اشتراك در جلسات و سمينارهاي ملي و بين‌المللي و جلسات هماهنگي دولتي و غير دولتي؛

2)     منظوری لايحه‌ی وظايف و طرزالعمل کاری اعضای موسسه؛

3)     منظوري استخدام و عزل پرسونل موسسه مطابق اساس‌نامه؛

4)     وارسي از ترتيب نمودن راپور‌های ماهوار، سه‌ماهه و سالانه توسط بخش‌های اجرایی موسسه؛

5)     بررسي از كيفيت و كميت كار مدیران و سایر اعضای موسسه مطابق پلان منظور شده؛

6)      حل مشكلات روزانه و رسيدگي به درخواست‌ها و شكاياتی که به طور کتبی عنواني ریاست موسسه ارجاع می‌شوند؛

7)     صدور هدايات جهت بهبود و تطبيق بهتر امور و فعاليت‌های موسسه؛

8)     امضاي قراردادها و پرتوكول‌ها با دونرها و ساير مراجعی که به موسسه مساعدت مي‌كنند؛

9)     نظارت و مراقبت بر کارکردهای معاون موسسه، مدیران بخش‌ها و سایر اعضا؛

10) امضای تمام يادداشت‌هاي رسمي به نمايندگي از موسسه؛

11) رییس موسسه صلاحیت دارد در صورت لزوم صلاحیت‌های کاری خود را به معاون و یا یکی دیگر از اعضای هیات اجراییه کتباً تفویض نماید.

(تبصره: نهادهای زیرمجموعه‌ی موسسه مطابق لوایح و طرزالعمل کاری خود در پیشبرد برنامه‌ها صاحب صلاحیت اند، اما رییس موسسه بر عملکردهای عمومی‌آن‌ها نظارت می‌کند و از آنان گزارش می‌خواهد. گزارش فعالیت‌های تمام نهادهای زیرمجموعه‌ی موسسه در جلسات هیات مدیره و مجمع عمومی توسط رییس موسسه ارائه می‌گردد.)