هیات مدیره‌ی موسسه در ماده‌ی پانزدهم اساس‌نامه به شرح ذیل معرفی می‌شود:

1.   هیات مدیره متشکل از یازده عضو بوده که از طرف مجمع عمومی برای سه سال انتخاب می‌شود.

2.   اعضای هیات مدیره می‌توانند عضویت نهادهای دیگر دولتی یا غیر دولتی را داشته باشند؛ اما افراد در صورتی که نهادهای مربوطه‌ی آن‌ها از لحاظ کاری در حوزه‌ی فعالیت مشترک با موسسه قرار داشته و با موسسه در حالت تضاد منافع قرار می‌گیرند، ریاست هیات مدیره را عهده‌دار شده نمی‌توانند.

3.   اعضای هیات اجرائیه و کارکنان بخش اجرایی موسسه، نمی‌توانند عضویت هیات مدیره را داشته باشند.

4.   رییس اجرایی موسسه در جلسات هیات مدیره، بنا بر دعوت این هیات، برای ارایه‌ی گزارش و سهم‌گیری در مباحث مربوط به فعالیت‌های موسسه اشتراک می‌کند، اما از حق رأی در تصمیم‌گیری برخوردار نمی‌باشد.

5.   جلسات عادی هیات مدیره در هر سه ماه یک بار و جلسات فوق‌العاده‌ی آن به اثر تقاضای بالاتر  از پنجاه درصد اعضای هیات مدیره دایر شده می‌تواند.

6.   اولین جلسه‌ی هیات مدیره در فاصله‌ی یک هفته پس از اجلاس مجمع عمومی ‌برگزار می‌شود.

7.   رئیس هیات مدیره از میان اعضای یازده‌گانه‌ی آن، در جریان انتخابات آزاد در اولین جلسه‌ی هیات مدیره پس از اجلاس مجمع عمومی، برای مدت یک سال انتخاب می‌شود.

8.   مدت خدمت اعضای هیات مدیره سه سال بوده، اما در اجلاس مجمع عمومی، با رأی‌گیری مجدد به طور انفرادی و سری قابل تمدید است.

9.   هیات مدیره در پذیرش اعضای جدید در جریان سه سال کاری خود صلاحیت دارد. در مورد پذیرش یا انفکاک این اعضا در اولین اجلاس مجمع عمومی، مطابق اصول اساس‌نامه، تصمیم‌گیری می‌شود.

10. عضوی که از هیات مدیره، به هر دلیلی، کنار می‌رود، به عنوان عضو افتخاری هیات مدیره اعتبار داشته و می‌تواند در هر جلسه‌ای که خواسته باشد، بدون برخورداری از حق تصمیم‌گیری اشتراک کند. اعضای رسمی هیات مدیره می‌توانند از اعضای افتخاری در تمام زمینه‌های مرتبط با حوزه‌ی کار و مسوولیت‌های خود مشورت حاصل کنند.

در ماده‌ی شانزدهم اساس‌نامه، وظایف و صلاحیت‌های هیات مدیره به شرح ذیل آمده است:

الف) وظایف:

1)     بررسی و تصویب بودجه‌ی سالانه‌ی موسسه؛

2)     دادن مشوره‌ی دوام‌دار برای رئیس و سایر اعضای هیات اجرائیه به خاطر تحقق تصامیم مجمع عمومی‌ و بهبود اجرائات موسسه؛

3)     بررسی اجرائات موسسه از طریق کمیته‌های سه‌گانه‌ی امور آموزشی و فرهنگی، امور اداری و مالی، امور روابط و برنامه‌های انکشافی؛

4)     رسیدگی به خواست‌ها و شکایات کتبی کارکنان موسسه؛

5)     جستجوی راه‌های دریافت منابع مالی و منابع تمویل‌کننده برای پروژه‌های سروی شده؛

6)      پیشنهاد تعدیل و اصلاحیه در اساس‌نامه‌ی موسسه به مجمع عمومی؛

7)     منظوری استخدام رییس اجرایی موسسه پس از بیرون آمدن در جریان رقابت آزاد؛

8)     تأمین نیازمندی‌های مرتبط با نهادهای زیرمجموعه‌ی موسسه؛

9)     تصمیم‌گیری در مورد قبض و بسط در ساختار اداری موسسه با درنظرداشت ضرورت‌های کاری و بودجوی موسسه؛

10) طرح و ترتیب لایحه‌ی نظارت داخلی موسسه.

ب) صلاحیت‌ها:

1)     درخواست گزارش کاری از رئیس اجرائیه‌ی موسسه؛

2)     بررسی نیازمندی‌های کلان در نهادهای زیرمجموعه‌ی موسسه و منظوری تأمین این نیازمندی‌ها در چوکات بودجه‌ی منظور شده‌ی سال مالی؛

3)     تعیین هیات و یا نماینده‌ی ویژه برای اشتراک در جلسات نهادهای زیرمجموعه‌ی موسسه؛

4)     تعیین خطوط کلی، اهداف و استراتیژی‌های نهادهای زیرمجموعه‌ی موسسه؛

5)     منظوری پلان کاری سالانه‌ی رییس اجرایی موسسه؛

6)      وارسی از امور مالی تمام نهادهای زیرمجموعه‌ی موسسه با تعیین هیات‌های ویژه‌ی تفتیش و کنترل؛

7)     پیشنهاد تغییر شخصیت، انحلال، ادغام، تغییر نام و ایجاد دفاتر ساحوی موسسه؛

8)     تعیین سرپرست موقت موسسه در صورت استعفا، برکناری و یا فوت رئیس اجرایی الی تعیین رئیس جدید؛

9)     عهده‌دار شدن صلاحیت‌های رییس اجرایی در حالت‌هایی که موسسه بنا بر دلایل بودجوی یا حالت‌های دیگری که هیات مدیره آن را موجه تشخیص کند، به استخدام رییس موفق نشود.

(تبصره:

1)     صرفاً رییس هیات مدیره می‌تواند وظیفه‌ی رییس اجرایی را عهده‌دار شود.

2)     رییس هیات مدیره می‌تواند صلاحیت‌های قانونی خود به عنوان قایم‌مقام رییس اجرایی را به طور رسمی و مکتوب، به یکی دیگر از اعضای هیات مدیره یا یکی از اعضای ارشد هیات اجرائیه تفویض کند.

3)     تفویض صلاحیت ریاست اجرایی موسسه به اعضای هیات مدیره، نباید بند دوم ماده‌ی پانزدهم این اساس‌نامه را نقض کند.)