معاونت پرورشی لیسه‌ی عالی معرفت، هم‌زمان با برنامه‌ریزی روی آموزش تفکر انتقادی در چوکات لیسه‌ی عالی معرفت در سال 1395 ایجاد شد. این معاونت که در حال حاضر توسط "سروش سپهر" مدیریت می‌شود، به طور مستقیم به مدیریت لیسه‌ی عالی معرفت گزارش‌دهی دارد.

هم‌چنان معاونت پرورشی، کارگرد بخش‌های زیر را مدیریت و نظارت می‌کند:

1-    نظارت از کارگرد آموزگاران پرورشی؛ در بخش پرورشی دو آموزگار مصروف امور تربیتی دانش‌آموزان اند، یکی خانم برای بخش دخترها و یک آموزگار آقا که مسوولیت مشوره‌دهی به دانش‌آموزان پسر را به عهده دارند.

2-    نظارت و گزارش‌گیری از بخش‌های نظم و زیر مجموعه‌ی آن؛ در بخش نظم هم در بخش دخترها و هم در بخش پسرها، یک آمر نظم همراه با یک هم‌کار خود مسوول رسیدگی به امور نظم دانش‌آموزان اند.

3-    ریاست شورای دانش‌آموزی نیز زیر مجموعه‌ی معاونت پرورشی است. این شورا که به صورت کل به عنوان مجری‌یان برنامه‌ها، محافل و برنامه‌های جنبی در لیسه‌ی عالی معرفت اند، تمامی برنامه‌های سالانه‌ی معرفت را با همکاری و مشوره‌ی معاونت پرورشی انجام می‌دهند. هم‌چنان شورای دانش‌آموزی متشکل از کمیته‌های گوناگون است که به صورت خلاصه، روی ارتقای ظرفیت دانش‌آموزان را در بخش‌های گوناگون فعالیت می‌کنند.

معاونت پرورشی به صورت کل، پرورش اخلاقی دانش‌آموزان، تامین نظم، برگزاری محفل‌ها و برنامه‌های جنبی، نظارت بر کارکرد شورای دانش‌آموزی، برگزاری سیمنارهای علمی و... از مسوولیت‌های اساسی خود می‌داند و به دنبال تحقق پرورش نسل خلاق، متفکر و منتقد است.