معاونت آموزشی لیسه‌ی عالی معرفت هم‌زمان با سیستماتیک شدن امور اداری در لیسه‌ی عالی معرفت در سال 1388 تاسیس شد. از آن زمان تا کنون، این معاونت به مدیریت امور درسی توسط دیپارتمنت‌های زیرمجموعه‌ی خود پرداخته است که اکنون شمار ین دیپارتمنت‌ها، به 8 دیپارتمنت می‌رسد و همراه با آن آمریت بورد امتحانات و ارزشیابی نیز زیرمجموعه‌ی معاونت آموزشی فعالیت می‌کند.

اکنون آقای «ذبیح‌الله مدبر» به عنوان معاون آموزشی لیسه‌ی عالی معرفت کار می‌کند که به صورت مستقیم به مدیریت لیسه‌ی عالی معرفت گزارش‌دهی دارد.

معاونت آموزشی به صورت مستقیم با آمران دیپارتمنت‌ها به شمول آمر بورد امتحانات و ارزشیابی از فعالیت و کارکردهای 9 نفر و به صورت غیر مستقیم از کارکردهای تمامی آموزگاران شمار شان نزدیک به صد نفر می‌رسد، نظارت می‌کند.

خلاصه‌ی وظایف و صلاحیت‌های معاونت آموزشی:

1.      جمع‌آوری پیشنهادات، نظریات و انتقادات معلمان در عرصه‌ی آموزش و انتقال آن به مدیریت عمومی لیسه؛

2.      تهیه‌ی برنامه‌ی عمل سالانه‌ی معاونت آموزشی لیسه و اجرای آن پس از منظوری ریاست اجرایی موسسه‌ی ارتقای ظرفیت مدنی معرفت؛

3.      تهیه‌ی زمره و تقسیم‌اوقات کاری روزانه برای معلمان و کارمندان اداری لیسه به کمک آمران بخش‌ها؛

4.      پیشنهاد استخدام یا انفکاک معلمان به هیات اداری لیسه، پس از تصویب آن در جلسه‌ی رسمی بورد آموزشی؛

5.      عهده‌دار شدن وظایف و صلاحیت‌های مدیریت عمومی لیسه در صورت غیبت مدیر یا با تفویض رسمی او؛

اهداف کلی که در معاونت آموزشی دنبال می‌شود:

1.      نظارت مستمر بر فعالیت‌ها و اجراآت بوردهای آموزشی و ارزش‌یابی؛

2.      تامین کیفیت در فعالیت‌های تمام بخش‌های زیرمجموعه و ارزش‌یابی از روند رشد در کیفیت اجراآت آن‌ها؛

3.      طراحی و اجرای برنامه‌های مرتبط با ارتقای ظرفیت کارمندان و معلمان؛

4.      طرح و برگزاری سمینارهای مسلکی برای آمران دیپارتمنت‌ها و معلمان؛