در لیسه‌ی عالی معرفت ساختمان‌های مکتب پسرها و مکتب دخترها جداگانه است. مکتب پسرها که همان ساختمان قدیمی لیسه‌ی عالی معرفت است، در دو طبقه میزبان دانش‌آموزان پسر از صنف‌ پنجم تا صنف دوازدهم است. در مکتب دخترها که در آن دانش‌آموزان اصول‌صنفی، تا صنف چهارم که دخترها و پسرها به صورت مشترک درس می‌خوانند، از آن بالا تا صنف دوازدهم، دانش‌آموزان دختر مصروف درس اند. 

گفتنی‌ست که اکثر اداره‌ها در موسسه‌ی ارتقای ظرفیت مدنی معرفت و لیسه‌ی عالی معرفت در ساختمان مکتب دخترها قرار دارند.